Od 2001. godine Univerzitet u Bihaću je učestvovao u nizu projekata koji uključuju razvojne projekte, projekte izgradnje kapaciteta, te naučno-istraživačke projekte. Sredstva za financiranje obezbjeđuju se kroz različite programe, u najvećoj mjeri one koje financira Evropska Unija poput CARDS programa, IPA, TEMPUS, Lifelong Learning, Erasmus+, EUREKA, COST, itd. Osim programa Evropske Unije, projekti na Univerzitetu u Bihaću se u najvećoj mjeri finansiraju kroz programe koje finansira Federalno ministarstvo obrazovanja i nauke, Ministarstvo obrazovanja, nauke kulture i sporta Unsko-sanskog kantona, te ostala ministarstva, ambasade i privatni sektor u Bosni i Hercegovini.

Federalno ministarstvo obrazovanja i nauke kroz svoje programe podrške razvoju nauke u Federaciji Bosne i Hercegovine duži niz godina finansira naučno-istraživačke i istraživačko-razvojne projekte osoblja na Univerzitetu u Bihaću. Ministarstvo svake godine izdvaja značajan iznos sredstava kroz Ugovore o finansiranju/sufinansiranju programa i projekata u oblasti nauke, te kroz konkurs za finansiranje/sufinansiranje naučno-istraživačkih i istraživačko-razvojnih projekata u Federaciji Bosne i Hercegovine.

Ministarstvo obrazovanja, nauke, kulture i sporta Unsko-sanskog kantona podržava razvoj naučnog i istraživačkog rada na Univerzitetu u Bihaću. Iz Budžeta Unsko-sanskog kantona osiguravaju se sredstva za finansiranje i sufinansiranje naučno-istraživačkih i istraživačko-razvojnih programa i projekata s ciljem jačanja kapaciteta i podsticanja naučne izvrsnosti na području Kantona. Finansiranje i sufinansiranje ovih programa i projekata doprinosi unapređenju naučnog rada i razvoja istraživačkih aktivnosti, a sredstva se koriste  kao direktna podrška razvoju naučno-istraživačke djelatnosti u Unsko-sanskom kantonu.

Erasmus+ program kojeg financira Evropska unija, nije direktno vezan za projekte nauke, već se fokusira na projekte jačanja kapaciteta visokoobrazovnih institucija kroz potprogram KA2. Univerzitet u Bihaću dugi niz godina aktivno učestvuje u ovom potprogramu, kao i u potprogramu internacionalne kreditne mobilnosti KA1, koji omogućava mobilnost nastavnog osoblja u svrhu izvođenja nastave, ali i obuka koje su vezane za stručno usavršavanje u različitim naučnim oblastima. Osoblje Univerziteta aktivno učestvuje u ovom programu, te je shodno tome i broj  projekata kao i mobilnosti nastavnika, studenata i nenastavljnog osoba, iz godine u godinu sve veći.

Lista domaćih i međunarodnih projekata dostupna je u pdf-dokumentu.

EUREKA je evropska mreža za finansiranje tržišno orijentiranih projekata iz različitih tehničkih oblasti. EUREKA pomaže izgradnju partnerstva kroz zajedničke multilateralne projekte s ciljem jačanja evropske konkurentnosti. 

COST je najstariji okvir naučne saradnje evropskih zemalja u okviru koji omogućuje istraživačima i inovatorima uspostavljanje vlastitih istraživačkih mreža u širokom rasponu naučnih tema, pod nazivom COST Actions. Finansiranje projekata je na državnom nivou, a rezultati istraživanja zajednički su svim učesnicima u projektu. U pravilu se radi o projektima koji su od zajedničkog interesa više zemalja ili pak od općeg interesa (npr. okoliš, okeanografija, meteorologija), odnosno od interesa radi stvaranja zajedničkih standarda za cijelu Evropu. Dok su naglasci u vrijeme osnivanja bili na području telekomunikacija, informatike, transporta, materijala, okeanografije, meteorologije i okoliša, sve više današnjih inicijativa okreće se društvenim naukama, hemiji, medicinskim istraživanjima i šumarstvu.